Одделение за историја
Историското одделение ја проучува историјата на градот Скопје и неговата околина во периодот од VII век до денес. Ги следи настаните поврзани за историјата на градот, потпирајќи се на бројните историски податоци од материјалното и духовно наследство на Скопје низ вековите, врши рекогносцирање и истражување на подрачјето на градот и неговата околина. Формирано е во 50-те години на XX век, во тогашниот Народниот музеј на град Скопје.
Во 60-тите години во музејот било формирано одделение "26 јули 1963" кое собирало материјали и предмети поврзани со катастрофалниот земјотрес. Поголем дел од овој матерјал е дониран во 70-те години од страна на Собранието на град Скопје.
Од особено значење е документарниот филмски и аудио матерјал снимен на ленти непосредно по земјотресот на кои се документирани искажувањата на сведоците на катастрофата, болните доживувања на скопјаните, како и сведоштвата на хуманите луѓе од целиот свет, кои летото 1963 учествувале во расчистувањето на урнатините на настраданиот град.
Одделението особен развој бележи во 70-те и 80-те години, кога Музејот е сместен во објектот на адаптираната зграда на железничката станица, со бројни изложби и постојани поставки.
Истражувачката дејност на одделението во изминатите години доведе до реализација на изложби со разновидна историска содржина. Пред се, Одделението организира изложби по повод одбележување на јубилеи на значајни личности и настани поврзани со историјата на градот Скопје. Музејот секоја година организира и изложби по повод одбележувањето на годишнината од скопскиот земјотрес од 1963 година.
Историското одделение располага со значителен број на музејски предмети и музејски материјали распределени по збирки со временска одредница од XV век па се до денес.
Оружје од XV век до до првата половина на XX век
Најстари примероци на оружје во збирката се боздоганите од источно потекло, кои датираат од XV век. Според типот, збирката поседува ладно и огнено оружје. Во групата ладно оружје збирката поседува јатагани и ножеви од источно потекло како и сабји и бајонети од западно потекло. Од огнено оружје во збирката има кубури, пиштоли, револвери и пушки од западно потекло. Од помошно војнички прибор за кубурите и пушките се издвојува експонатот арбија, како и припојасници и фишеклаци.
Збирката опфаќа и разновидно оружје употребувано за време на Втората светска војна: полуавтоматски и автоматски пушки, пушкомитралези, минофрлачи и пиштоли. Од помошно војничкиот прибор збирката има војнички торби и ранци, бомби, шлемови, двогледи, компаси индукторски телефон, унформер, гештетнери и др.
Разгледници од Скопје од крајот на XIX и почеток на XX век
Збирката содржи околу 600 разгледници од Скопје. Најстари се разгледниците печатени во печатницата на скопскиот издавач Халил Ќазим, оние што се издадени од POSTAL UNIVERSELLE TURQUIE и разгледниците од крајот на XIX век печатени во Берлин. Според содржината тематски се поделени на: панорами на Скопје, колажи, стара скопска чаршија, верски објекти – цркви и џамии, скопско Кале, мостови, кејови на реката Вардар, плоштад, училишта, индустриски објекти, паркови, мотиви од околината на градот, разгледници со воена тематика.
Книги и ракописи од XVIII до првата половина на XX век
Збирката содржи 25 примероци на ретки и интересни наслови. Тие се од два типа: печатени и ракописи. Според јазикот се поделени на црковнословенски и арапски книги со верска содржина, како и книги кои немаат верска содржина како Ќурчискиот дефтер во ракопис од 1745, романот "Патување во центарот на земјата" од Жил Верн и двете изданија на книгата "Историја на Скопје и неговата околина" од Сали Асим прва напишана историја на градот Скопје.
Документи од крајот на XIX и средината на XX век
Оваа збирка содржи документи настанати за време на османлиското владеење во Македонија како тапии, тескериња, свидетелства, писма, изводи од матичните книги на родени, телеграми и др. Најстар документ во збирката е тескерето од 1886 година. Збирката опфаќа и документи со политичка и пропагандна содржина: прогласи и притурки - додатоци во весници и др. кои сведочат за продорот на напредни револуционерни идеи како и за развојот на револуционерното и национално будење на македонскиот народ и народите кои што живееле на овие простори. Збирката содржи и документите настанати во периодот меѓу двете светски војни (1918-1941), кои се однесуваат на разни активности поврзани со времето и историските прилики во кои настанале: Програма за избори од 1926 година. Повик за излегување на избори, обврзници и акции од банки фактури од повеќе фабрики и трговски претпријатија. Исто така во збирката има и документи од периодот на НОВ (1941-1944), разни прогласи, апели, соопштенија, расписки, службени белешки, воени дневници, разни пропусници, лични карти, легитимации, одликувања, пофалници и др.
Фотографии од крајот на XIX и средината на XX век
Оваа збирка содржи фотографии на личности и настани поврзани со историјата на градот Скопје и пошироко. Најстари се две фотографии снимени 1902 година на пазарот на Калето. Со својата различна содржина нудат богатство од информации и го прикажуваат времето во коешто настанале, архитектонскиот развиток на градот Скопје, луѓето и нивното секојдневие. Дел од нив се и воени фотографии, портрети на борци и друго. Несомнен е документарниот белег на фотографиите како сведоци на времето од коешто потекнуваат.
Ковани и хартиени пари од VIII – XX век
Историското одделение поседува и значителен број на ковани и хартиени пари на соседните држави Србија, Бугарија, и Грција, како и пари од Франција, Германија и Австро-Унгарија. Најстара монета во збирката е австро-унгарски сребрен талир од 1752, а најстара банкнота се 10 динари од 1883 година од Кралството Србија.
